Eine Akademie besteht aus sechs Kursen (die Multinationale Akademien aus vier Kursen) mit jeweils bis zu 16 Teilnehmenden. Jeder Kurs wird von zwei Kursleitenden betreut. Während der Akademie arbeitet jede Teilnehmerin und jeder Teilnehmer in einem Kurs eigener Wahl für eine Dauer von insgesamt ca. 50 Stunden.
Für die Akademien des JGW e.V. gelten zum Teil andere Regeln.

Neben dem Kursprogramm gibt es zahlreiche weitere Aktivitäten, die für alle Teilnehmenden offen sind: Theater, Musik, Exkursionen, Chor, Sport, Gastvorträge u.v.m. Diesen Kurs übergreifenden Aktivitäten wird wegen ihrer sozialen und interdisziplinären Bedeutung ein etwa gleicher zeitlicher Umfang im Tagesablauf eingeräumt wie dem Kursprogramm.

Die Teilnehmenden werden einige wichtige Erfahrungen aus den Akademien mitnehmen. Durch die Arbeit in den Kursen haben sie die Chance,

• bereits vorhandene Kenntnisse und Forschungsinteressen zu erweitern und zu vertiefen;
• gänzlich neue Gebiete kennen zu lernen und rasch in sie einzudringen;
• Grundsätze des wissenschaftlichen Arbeitens kennen zu lernen und zu praktizieren;
• Techniken der mündlichen Darstellung (Präsentationstechniken) zu erwerben und zu verbessern;
• Formen der schriftlichen Darstellung zu üben, besonders unter Beachtung wissenschaftlicher Standards;
• ihre Kompetenzen im selbständigen Wissenserwerb und in der Verarbeitung und Verknüpfung von Wissen zu verbessern;
• kooperative Arbeitsformen zu erproben und die Koordinierung mit Partnern bei der Erarbeitung von Gruppenleistungen zu üben;
• ihre persönlichen Neigungs- und Fähigkeitsschwerpunkte abzuklären, auch hinsichtlich ihrer Studienfach- und Berufswahl.

Ein zentrales Anliegen der Akademien ist dabei, durch die Begegnung mit unterschiedlichen Wissenschaftsbereichen die Perspektiven für die eigene Entwicklung zu bereichern, das interdisziplinäre Denken und Arbeiten anzuregen und den Horizont der bisherigen Lebens- und Erfahrungswelt zu erweitern.

Die Schülerinnen und Schüler leben während der Akademie in einer Gemeinschaft von ähnlich interessierten und motivierten Jugendlichen und Kursleitenden. Das Erlebnis dieser Gemeinschaft, die gekennzeichnet ist von einem ungemein anregenden, offenen und toleranten Klima, ist für viele Teilnehmende rückblickend die wichtigste und wertvollste Erfahrung. Schnell ergeben sich auch über die Akademie hinaus anhaltende Kontakte und Freundschaften, die u.a. auch über den Club der Ehemaligen (CdE) vielfach bis in das Studium hinein aufrechterhalten werden. Zahlreiche Ehemalige sind inzwischen als Kursleitende tätig.