Ziel der Akademien ist, Schülerinnen und Schülern eine intellektuelle und soziale Herausforderung zu bieten, sie in ihren Fähigkeiten zu fördern, miteinander in Kontakt zu bringen und unter Anleitung von qualifizierten Lehrkräften an anspruchsvollen Aufgabenstellungen ihres Interessenbereiches arbeiten zu lassen. Das Niveau entspricht dabei häufig demjenigen von Hochschulstudiengängen in den ersten Semestern.
Die Konzeption der Akademien basiert auf folgenden Prinzipien:

• Teilnehmen können besonders befähigte und motivierte Jugendliche. Sie leben und arbeiten zweieinhalb Wochen an einem Ort zusammen.
• Die Teilnehmenden werden durch Wissenschaftler, Lehrer oder andere Experten in ein bestimmtes Themengebiet eingeführt und unterrichtet. Sie werden zum selbständigen Wissenserwerb und zu eigenständigem Tun angeleitet. Dabei lernen sie wissenschaftliche Standards und Grundregeln wissenschaftlichen Arbeitens kennen.
• Die Kursthemen werden aus verschiedenen Disziplinen der Natur-, Geistes- und Gesellschaftswissenschaften und des musischen Bereichs so zusammengestellt, dass sich in jeder Akademie eine gute Mischung der Disziplinen ergibt. Ein möglichst weitgehender interdisziplinärer Informations- und Erfahrungsaustausch wird angestrebt und durch bestimmte Programmelemente unterstützt.
• Die Kurse vermitteln grundlegendes Faktenwissen und trainieren systematisches und strukturelles Denken. Ein weiterer Schwerpunkt liegt in der Vermittlung von fachspezifischen Methoden wissenschaftlichen Arbeitens.
• Die Kursarbeit wird ergänzt durch sportliche, soziale und kulturelle, insbesondere musikalische Aktivitäten.
• Als ganz wesentlicher Bestandteil der Arbeit wird in den Kursen eine Dokumentation erarbeitet. Hier werden das Kursthema, der Lernprozess und die Ergebnisse der Kursarbeit dokumentiert und abschließend in einer Broschüre zusammengefasst.
• Ein ebenfalls zentraler Bestandteil ist die Rotation, in der die Teilnehmenden in die Rolle der Lehrenden schlüpfen und Teilnehmenden anderer Kurse über ihre Arbeit berichten.